副本系统包括战役副本和困难副本(秘境副本)两部分。
每一章节对应的困难副本(秘境副本)需要先通关该章节的战役副本后才可以开启。
召唤师点击右下角的战斗按钮，即可进入副本战役入口。副本战役是召唤师们出征的地方。这里，英雄们可以获得经验、装备、金币等奖励，是提升自身能力的必经之路。
战役副本：
副本战役是游戏的主任务线，它包含了九大章节，分别为“迷雾小径”“极寒幽地”“失落遗址”“熔岩矿坑”“远征前线”“千钧要塞”“审判御座”“灰烬火山”“狂风沙漠”。
1) 在九大章节中，只有完成了上一个章节，才能进入到下一个章节。
2) 每一章节都有8关卡，其中前6关卡为普通副本、最后一关为BOSS关卡，前面7个关卡均三星通关后可开启特殊副本，可获得大量金币、经验、道具等物品。特殊副本只能刷一次，通关后不会再次出现。
3) 每一章节中，需要完成BOSS关，相对应的秘境章节才会开放。
4) 每一关卡都能获得最多三颗星。只有获得三颗星的关卡，才能使用扫荡卡进行扫荡。扫荡可分进行一次或十次，扫荡一次消耗一张扫荡卡。
5) 每一关卡挑战需要消耗6点体力。在召唤师联盟里，体力是一件很重要的东西，所以，各位小伙伴们可要加倍珍惜了。
6) 同一关卡的扫荡和挑战的次数不限。
困难副本(秘境副本)
1) 奖励更丰富。除了双倍经验、双倍金币、装备之外，困难副本(秘境副本)还有英雄碎片、符文等等。
2) 困难副本(秘境副本)挑战一次需要消耗12点体力值。
3) 困难副本(秘境副本)挑战是有次数限制的。一天之内每一关卡可扫荡的次数是有限的，超过之后需要花费一定数量的钻石进行次数重置。
4) 与战役副本一样，困难副本(秘境副本)每一章节同样为8关卡，需要三星通关前面的7个关卡（包括BOSS关卡）才会开启特殊关卡。特殊关卡只能刷一次，通关后不会再次出现。