梦幻火影里每个副本都包含了许多关卡，每个关卡都会根据你战胜的回合数分为一星两星三星。
第一回合战胜对手，为三星;
第二回合战胜对手，为两星;
决战回合战胜对手，为一星。
关卡首次获得三星可以获得三倍的奖励，当一个的所有关卡都三星通过，还可以在副本下方获得海鲜饭的奖励，吃完体力可以增加10。
关卡都有固定的经验和金币奖励，精英关卡和BOSS关卡有几率掉落各种装备、忍术，还会有几率得到宝箱、忍术碎片和忍者分身，越后面的关卡，经验和金币奖励都会更好。
每个关卡不是无限打的，是有次数的限制，普通为999次/每天、精英为10次/每天、Boss为5次/每天，每天打完相应的次数后，只能等隔天再次打。如果玩家急不可耐，可以通过充值升级到VIP3级，然后使用钻石刷新关卡次数。
此外，到后期，打关卡是非常需要人品的，运气好的时候，忍者多释放几次技能，闯关应该没有多大压力。运气不好的时候，可能起手被对方忍者一个技能秒杀也是常有的事情。所以，当遇到个别势均力敌的关卡时，可以试着多打几次，就可以过了。当然，失败照样扣体力点。保险起见，还是强化装备、培养忍者稳过来的好点。