轩辕，有熊部落的年轻首领。他聪慧、自信、目光远大，有着通天彻地的才能。
远古时期，中原各部族互相攻伐，战乱不止。轩辕便乘时而起，打败不同的部族，其余部族的首领亦纷纷归附，于是形成炎帝、轩辕、蚩尤鼎足而立的局面。
轩辕居中原，炎帝在西方，太行山的西面。蚩尤是九黎君主，雄踞东方。炎帝与蚩尤争夺黄河下游地区，炎帝失败，向北逃走，向轩辕求救。
轩辕在三年中与蚩尤打了九仗，都未能获胜。最后轩辕集结在涿鹿上与蚩尤决战，战斗十分激烈。轩辕在大将风后、力牧的辅佐下，终于擒杀了蚩尤，获得胜利，统一了中原各部落，建都在涿鹿。战后，轩辕率兵进入九黎地区，准备前往泰山之巅，举行封禅仪式。
黄帝封禅泰山的路上，来到崆峒山，求道于广成子。广成子教他“至道之精，窃窃冥冥，至道之极，昏昏默默。无视无听，抱神以静。形将自正，必静必清；无劳妆形，无摇妆精，方可长生。目无所见，耳无所闻，心无所知，如此，神形合一，方可长生”，然后传他《自然经》一卷。
后来黄帝潜心研究，参悟自然轮回、万物生长的规律，还经常和精通医道的岐伯一起论医，后终成一部《黄帝内经》。
而在泰山之巅，轩辕会合天下诸部落，举行了隆重的封禅仪式，告祭天地。突然，天上显现大蚓大蝼，色尚黄，于是他以土德称王，土色为黄，故称作黄帝。一统中原的轩辕与妻子嫘祖努力治理部落，可他总觉得人界过于落后，远远比不上天界辉煌。
一天，轩辕梦见两龙出于黄河，献白图一副。于是轩辕游于河洛之间，沉壁河中，杀三牲以祭。开始的三天始终大雾弥漫，伸手不见五指，接下来的七天又是连天大雨，后来有黄龙自黄河而出，给轩辕献上了一幅图，白图蓝叶朱字，此正是河图洛书。
拥有河图洛书的黄帝，终于如愿将人界打造得如天界一般繁华。然而某一天，河图洛书莫名地消失不见，不知去往了何处……